Illumina Nex Seq 500 + Wartung im 2. Jahr.

Short Read Sequenzierer. Dabei wird zum einen ein hoher Probendurchsatz von 50-100 Proben benötigt, zum anderen wird auf eine hohe Sequenziertiefe von 1 Millionen Reads pro Probe abgezielt. Die benötigte Sequenziertiefe ergibt sich dabei aus der hohen Diversität von Bakterien. Beispielsweise werden pro Gramm Boden rund 50 ,000 verschiedene Bakterienarten in verschiedensten Abundanzen erwartet. Im Bereich der Short Read Sequenzierer ist lllumina marktführend. Notwendigkeit des Hinzufügens genomischer DNA Amplikons stellen für lllumina Sequenzierer eine besondere Herausforderung dar, indem sie „low diversity“ Läufe provozieren. Hierbei werden in den ersten Zyklen immer die gleichen Nukleotide sequenziert. Der bisherige Ausweg ist es, die Hälfte einer Lane für PhiX oder von der Nukleotidzusammensetzung diversere genomische DNA zu „opfern“. Rechnerisch bleiben von den 200 000 000 theoretisch erzielbaren Reads auf einer Lane des HiSeq 2500 für die Amplikons nur 100 000 000 Reads übrig.