Illumina Komplettgenomsequenzierung (DNA-Seq) von 350 Buchen

Vertragsgegenstand ist eine lllumina-Komplettgenomsequenzierung (DNA-Seq) inklusive Überprüfung der Proben und Erstellung der Sequenzier-Libraries sowie die bioinformatische Analyse inklusive der Rohdaten-Qualitätskontrolle, dem Filtern der Reads, dem zusammenführen des Referenzgenoms mit den Sequenzierungsergebnissen (read mapping) und der Detektion der Varianten (variant calling) von 350 Buchen-DNA-Proben (Fagus sylvatica). Die Ergebnis-Dateien müssen dem Auftraggeber in Form von externen Speichermedien zur Verfügung gestellt werden. Speziell hat die zu erbringende Leistung folgenden Umfang: 1. Überprüfung der Buchen-DNA-Proben auf ihre Qualität (Messung der Quantität, Integrität und Reinheit), 2. Erstellung der lllumina-Sequenzier-Libraries ("library preparation"), 3. lllumina-Komplettgenomsequenzierung mit paarweise ("paired-end") 150 bp Reads von 350 Buchenproben mit einer Sequenziertiefe von 35x entsprechend 19 Gb Rohdaten pro Probe. Die hierbei generierten Rohdaten müssen mehr als 80% der Basen mit einem Quality Score von > Q30 aufweisen. 4. Bioinformatische Analyse 4.1 Rohdaten-Qualitätskontrolle und Filtern der Reads, 4.2 Referenzgenom-Angleichung (Mapping), 4.3 Detektion (Calling) der Varianten (SNPs und lndels): SNP + InDel variant calling mit GATK (Genome Analysis Toolkit) muss entsprechend der „Best practices" durch GVCF-Files erfolgen, die mit dem „HaplotypeCaller" generiert wurden. Die gemeinsame Genotypisierung aller Proben muss mit den Funktionen „CombineGVCFs" und „GenotypeGVCFs" durchgeführt werden. 5. Zusammenstellung der Ergebnis-Dateien 5.1 Rohdaten: FASTQ-Dateien, 5.2 Mapping: BAM-Dateien, 5.3 Variant-Calling: 5.3.1 GVCF-Dateien generiert mit GATK's „HaplotypeCaller", 5.3.2 zusammengeführte VCF-Datei, generiert mit GATK's „Combi-neGVCFs" und „GenotypeGVCFs" (eine Datei für den gesamten Datensatz mit allen 350 Buchenproben). 6. Übermittlung der Ergebnis-Dateien mittels externer Speichermedien an den Auftraggeber.