# Illumina Komplettgenomsequenzierung (DNA-Seq) von 350 Buchen

Zuschlag erteilt

Johann Heinrich von Thünen-Institut hat den Auftrag für „Illumina Komplettgenomsequenzierung (DNA-Seq) von 350 Buchen“ in Braunschweig vergeben (Bekanntmachung vom 30.07.2025), Zuschlag an NOVOGENE GmbH.

- Auftraggeber: [Johann Heinrich von Thünen-Institut](https://vergabeweiser.de/vergabestelle/johann-heinrich-von-thuenen-institut)
- Was: Illumina Komplettgenomsequenzierung (DNA-Seq) von 350 Buchen
- Wo: Braunschweig, Niedersachsen
- Wer kann anbieten: Der Auftraggeber verhandelt direkt mit ausgewählten Unternehmen.
- Zuschlag an: NOVOGENE GmbH
- Zuschlag am: 30.07.2025
- Summe: nicht veröffentlicht
- Angebote: nicht veröffentlicht

## Gewinner

- [NOVOGENE GmbH](https://vergabeweiser.de/unternehmen/novogene-gmbh), Planegg

## Leistungsumfang

Vertragsgegenstand ist eine lllumina-Komplettgenomsequenzierung (DNA-Seq) inklusive Überprüfung der Proben und Erstellung der Sequenzier-Libraries sowie die bioinformatische Analyse inklusive der Rohdaten-Qualitätskontrolle, dem Filtern der Reads, dem zusammenführen des Referenzgenoms mit den Sequenzierungsergebnissen (read mapping) und der Detektion der Varianten (variant calling) von 350 Buchen-DNA-Proben (Fagus sylvatica). Die Ergebnis-Dateien müssen dem Auftraggeber in Form von externen Speichermedien zur Verfügung gestellt werden. Speziell hat die zu erbringende Leistung folgenden Umfang: 1. Überprüfung der Buchen-DNA-Proben auf ihre Qualität (Messung der Quantität, Integrität und Reinheit), 2. Erstellung der lllumina-Sequenzier-Libraries ("library preparation"), 3. lllumina-Komplettgenomsequenzierung mit paarweise ("paired-end") 150 bp Reads von 350 Buchenproben mit einer Sequenziertiefe von 35x entsprechend 19 Gb Rohdaten pro Probe. Die hierbei generierten Rohdaten müssen mehr als 80% der Basen mit einem Quality Score von > Q30 aufweisen. 4. Bioinformatische Analyse 4.1 Rohdaten-Qualitätskontrolle und Filtern der Reads, 4.2 Referenzgenom-Angleichung (Mapping), 4.3 Detektion (Calling) der Varianten (SNPs und lndels): SNP + InDel variant calling mit GATK (Genome Analysis Toolkit) muss entsprechend der „Best practices" durch GVCF-Files erfolgen, die mit dem „HaplotypeCaller" generiert wurden. Die gemeinsame Genotypisierung aller Proben muss mit den Funktionen „CombineGVCFs" und „GenotypeGVCFs" durchgeführt werden. 5. Zusammenstellung der Ergebnis-Dateien 5.1 Rohdaten: FASTQ-Dateien, 5.2 Mapping: BAM-Dateien, 5.3 Variant-Calling: 5.3.1 GVCF-Dateien generiert mit GATK's „HaplotypeCaller", 5.3.2 zusammengeführte VCF-Datei, generiert mit GATK's „Combi-neGVCFs" und „GenotypeGVCFs" (eine Datei für den gesamten Datensatz mit allen 350 Buchenproben). 6. Übermittlung der Ergebnis-Dateien mittels externer Speichermedien an den Auftraggeber.

## Angaben laut Bekanntmachung

- Verfahren: Vergabe ohne Teilnahmewettbewerb (national)
- Art des Auftrags: nicht angegeben
- Geschätzter Wert: nicht angegeben
- CPV-Code: 50000000-5
- CPV-Bezeichnung: [Reparatur- und Wartungsdienste](https://vergabeweiser.de/cpv/50000000-reparatur-und-wartungsdienste)
- Bekanntmachungs-ID: a6878bf4-08d1-4dd1-823b-136463e59b7e

## Verlauf

- 30.07.2025: Ergebnis veröffentlicht

## Häufige Fragen

**Wer hat den Auftrag bekommen?**
Den Zuschlag hat NOVOGENE GmbH erhalten.

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- [Verhandlungsvergabe](https://vergabeweiser.de/wissen/verhandlungsvergabe): Wissen: Ablauf und Begriffe

Automatisch aus den Feldern der Bekanntmachung vom 30.07.2025, ohne KI. Stand: 01.11.2026.

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Quelle: Bekanntmachung auf oeffentlichevergabe.de (CC0), https://oeffentlichevergabe.de/ui/de/search/details?noticeId=a6878bf4-08d1-4dd1-823b-136463e59b7e. Maßgeblich ist die Bekanntmachung. Seite: https://vergabeweiser.de/ausschreibung/illumina-komplettgenomsequenzierung-dna-seq-von-350-buchen-a6878bf4